中医药管理学是一门中医学、中药学与管理学的交叉学科。它研究传统中医药在现代医药卫生事业中的发展规律及影响因素，运用现代管理科学的理论和方法来探索如何通过有效的中医药服务把中医药资源和技术进行合理配置并及时提供给广大人民群众，最大限度地发挥中医药的特色和优势，促进和保障人民群众健康的一门应用学科。该学科的研究范围涉及到中医医疗卫生服务领域和中医药健康产业领域，重点探索如何运用现代管理学理论和方法，促进中医药资源和技术在现代公共卫生服务、医疗服务、医疗保障、中医药产品供应方面更好地发挥特色和优势。
中医药管理学于2012年被确认为国家中医药管理局“十二五”中医药重点学科。目前已经形成了四个稳定的研究方向：中医医疗服务与医疗保障研究、中医药政策法规与中医药知识产权管理研究、中医药资源管理与产业发展研究、中医药与公共卫生研究。不同方向形成了独特的学术观点，积极探索先进的科研方法。四个方向已经建立起稳定的师资团队，学科队伍整体素质较高。学科的师资团队共有85人，骨干队伍38人，博士研究生导师7人。其中，整个学科高级职称人数比例超过30%，骨干队伍的高级职称比例、博士学位比例均超过60%。
截止2015年，中医药管理学经过3年的建设取得了一系列标志性成果。课题申报、论文发表的数量和质量均有了较大提高，获得了国家级课题17项，省部级课题39项，厅局级47项，核心刊物发表论文258篇，编撰了44本各类教材和专著。已经建成了1个江苏省重点专业（公共管理类专业），1个省级人才培养模式创新实验区（先声商学院），3个校级重点专业（公共事业管理、电子商务、信息管理与信息系统），2个校级重点学科（工商管理、医药经济与管理），同时增加了2个新专业（药事管理专业、劳动与社会保障专业）。学科在发展过程中同时注重高层次人才培养，招收脱产全日制攻读博士、硕士学位研究生（标准学制3年）及在职攻读博士、硕士研究生（学制一般为4年）。每年招收约30名硕士研究生，3-6名博士研究生。
学科建设过程中同时非常重视学术交流与学科合作的开展。本团队成员参与了韩国光源大学医疗保障交流大会、浙江文化中国年度论坛会议、卫生改革与发展高层论坛、中国管理科学大会、首届东亚医药管理高峰论坛、第三届清华法学论坛医药创新与法制建设会议、沪港发展与中国未来可持续增长学术研讨会等。在学科发展过程中，充分鼓励团队成员走出去，也欢迎其他同行走进来，相互交流，共同发展。以中医药管理学学科或者南京中医药大学经贸管理学院名义召集了13届全国高等医药院校管理及相关专业学科建设研讨会，与华中科技大学共同主持了10届中国医药卫生管理学院（系）院长（主任）论坛，组织了第五届海峡两岸医药法年会等。
学科带头人：申俊龙教授